复方甲氧那明胶囊的副作用主要有胃肠道不适、头晕嗜睡、心悸胸闷、过敏反应等。
复方甲氧那明胶囊可能引起恶心呕吐、腹痛腹泻等症状，通常与药物刺激胃肠黏膜有关。出现症状时可遵医嘱使用铝碳酸镁片、蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌胶囊等药物缓解。
药物中的镇咳成分可能抑制中枢神经系统，导致乏力困倦。用药期间应避免驾驶或高空作业，必要时可更换为右美沙芬等中枢性镇咳药。
甲氧那明作为β受体激动剂可能引发心动过速，原有心脏病患者需慎用。若出现心前区不适，应及时停药并监测心电图。
少数患者可能出现皮疹瘙痒、面部水肿等过敏表现，严重者可发生过敏性休克。应立即停药并就医，必要时使用氯雷他定片、地塞米松注射液、肾上腺素注射液治疗。
用药期间出现严重不良反应须立即停药就医，避免饮酒或与其他中枢抑制剂合用，慢性病患者用药前应咨询医师。
