肠道菌群失调与肠道免疫密切相关。肠道菌群失衡可能通过影响免疫细胞功能、破坏肠道屏障完整性、改变免疫因子分泌等途径干扰肠道免疫稳态，主要涉及免疫防御功能下降、炎症反应异常、自身免疫风险增加等机制。
肠道菌群与肠道免疫系统存在双向调控关系。健康状态下，肠道菌群通过刺激派尔集合淋巴结中的免疫细胞成熟，促进分泌型免疫球蛋白A的产生，帮助维持黏膜免疫屏障功能。特定菌群如双歧杆菌可诱导调节性T细胞分化，抑制过度炎症反应。当菌群多样性降低或有害菌过度增殖时，可能激活Toll样受体通路，导致促炎因子白细胞介素6、肿瘤坏死因子α等异常释放，诱发慢性低度炎症。某些条件致病菌如艰难梭菌产生的毒素可直接损伤肠上皮细胞紧密连接，增加肠道通透性，使未消化的食物抗原和细菌内毒素进入血液循环，引发全身免疫反应。
肠道菌群紊乱对免疫系统的影响具有个体差异性。婴幼儿时期菌群定植异常可能影响免疫系统发育，增加过敏性疾病概率。长期使用广谱抗生素可能造成菌群耐药基因富集，削弱免疫治疗效果。部分自身免疫性疾病患者存在特定菌种缺失，如多发性硬化症患者普雷沃菌含量减少。某些益生菌株如鼠李糖乳杆菌GG株可通过调节树突细胞功能改善特应性皮炎症状。肠道菌群代谢产物短链脂肪酸能促进调节性T细胞增殖，对炎症性肠病具有潜在改善作用。
维持肠道菌群平衡对免疫功能至关重要，建议通过多样化饮食摄入膳食纤维、规律作息、适度运动等方式促进菌群健康。若出现持续腹泻、腹痛伴免疫相关症状，应及时就医进行菌群检测和免疫评估，避免自行使用益生菌制剂。
