板蓝根可能引起胃肠道不适、过敏反应、肝损伤、溶血性贫血等副作用，通常与个体差异、用药剂量、药物相互作用、基础疾病等因素有关。
板蓝根可能刺激胃肠黏膜，引发恶心呕吐或腹泻。脾胃虚寒者更易出现，建议饭后服用并观察反应，症状持续需停药。
部分人群对板蓝根中成分过敏，表现为皮疹或呼吸困难。过敏体质者用药前应咨询医生，出现症状立即停用并抗过敏治疗。
长期大剂量使用可能增加肝脏代谢负担，导致转氨酶升高。慢性肝病患者需监测肝功能，必要时联用护肝药物如甘草酸制剂。
葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏者服用可能诱发溶血，出现黄疸或血红蛋白尿。此类患者应避免含板蓝根的中成药。
使用板蓝根制剂期间避免辛辣饮食，出现异常症状及时就医，儿童孕妇等特殊人群须严格遵医嘱用药。
