乙肝携带者通常难以完全治愈，但可通过规范治疗实现临床治愈。乙肝携带者的治疗目标主要有控制病毒复制、减轻肝脏炎症、延缓肝纤维化进展。
乙肝病毒在肝细胞内形成稳定的共价闭合环状DNA，现有药物难以彻底清除。多数患者经抗病毒治疗后，血液中病毒载量可降至检测不到水平，肝功能指标恢复正常，达到临床治愈标准。常用抗病毒药物包括恩替卡韦片、富马酸替诺福韦二吡呋酯片、丙酚替诺福韦片等核苷类似物，需长期用药抑制病毒复制。部分患者经聚乙二醇干扰素α-2b注射液治疗可能出现表面抗原转阴，但概率较低。
少数表面抗原阳性持续时间短、基线病毒载量低、免疫功能较强的年轻患者，在早期积极干预下存在自然转阴可能。合并丁型肝炎病毒感染或免疫抑制状态患者预后较差，更易进展为肝硬化。新生儿期感染且持续携带病毒超过30年者，肝细胞癌发生风险显著增加。
乙肝携带者应每3-6个月复查肝功能、乙肝病毒DNA、甲胎蛋白及肝脏超声，避免饮酒和肝毒性药物。高病毒载量孕妇需在妊娠晚期进行抗病毒治疗以阻断母婴传播。接种乙肝疫苗是预防感染最有效手段，表面抗体阴性者接触血液后应立即注射乙肝免疫球蛋白。
