碘伏与碘酒的主要区别在于成分、刺激性及适用范围不同。碘伏是单质碘与聚乙烯吡咯烷酮的结合物，刺激性低且适用于黏膜消毒；碘酒由碘、碘化钾和酒精组成，刺激性较强仅用于完整皮肤消毒。
碘伏为广谱杀菌剂，对细菌、真菌和部分病毒均有效，其水溶性特性使其可直接用于创面、口腔或会阴部消毒，使用后无须脱碘。临床常用于手术前皮肤准备、烧伤创面处理及导管穿刺部位消毒，对皮肤黏膜无腐蚀性且不易引起过敏反应。
碘酒含50％酒精成分，杀菌力强但具有明显刺激性，接触破损皮肤会引起疼痛并延缓愈合，使用后需用75％酒精脱碘以避免碘残留灼伤皮肤。传统用于完整皮肤消毒如注射前消毒，不适用于黏膜、婴幼儿皮肤及甲状腺疾病患者，其挥发性酒精成分可能引起皮肤干燥。
日常消毒建议优先选择碘伏，尤其对于儿童、敏感皮肤及开放性伤口。使用碘酒时应严格避开眼周、会阴等黏膜区域，消毒后及时脱碘。两种消毒剂均需避光保存，开封后有效期通常不超过7天，出现沉淀即失效。对碘过敏者禁用含碘消毒剂，可改用氯己定等替代产品。
