病毒性脑炎多数可以治愈，预后与病毒类型、病情严重程度、治疗时机等因素有关。治疗方法主要有抗病毒治疗、免疫调节、对症支持、康复治疗。
早期使用阿昔洛韦、更昔洛韦等抗病毒药物可抑制病毒复制。重症患者需静脉给药，轻症可口服治疗。
糖皮质激素如地塞米松可用于控制炎症反应。免疫球蛋白适用于免疫功能低下者。
控制颅内压可用甘露醇，癫痫发作需用丙戊酸钠。维持水电解质平衡，必要时机械通气。
遗留神经功能障碍者需进行运动训练、语言康复。认知障碍可采用作业疗法。
恢复期应保证营养摄入，适量补充维生素B族，避免剧烈运动，定期复查脑电图和影像学检查。
