真菌性角膜溃疡经过规范治疗多数可以痊愈，预后与感染菌种、治疗时机及基础疾病有关，主要治疗方式有抗真菌药物、角膜清创、角膜移植等。
局部使用那他霉素滴眼液、伏立康唑滴眼液或两性霉素B滴眼液等抗真菌药物，严重时需联合口服伊曲康唑。治疗期间需密切监测角膜病灶变化。
通过角膜上皮清创术去除坏死组织，增强药物渗透性。操作需在显微镜下由专业眼科医生完成，术后需预防继发感染。
对于深部溃疡或穿孔患者，需行板层角膜移植或穿透性角膜移植。术前需控制感染灶活动，术后需长期使用免疫抑制剂。
联合使用角膜修复凝胶、降眼压药物及散瞳剂，避免揉眼并佩戴防护镜。糖尿病患者需严格控制血糖。
治疗期间避免游泳或佩戴隐形眼镜，保持眼部清洁，定期复查角膜愈合情况直至病灶完全消退。
