病毒性脑炎一般需要服药2-4周，实际疗程受到病毒类型、病情严重程度、免疫状态、并发症等因素的影响。
1、病毒类型不同病毒对药物敏感性差异较大，单纯疱疹病毒性脑炎需阿昔洛韦静脉用药2-3周，肠道病毒性脑炎通常对症治疗1-2周。
2、病情程度轻症患者口服抗病毒治疗10-14天即可，重症合并脑水肿者需延长至3-4周，必要时联用甘露醇等脱水剂。
3、免疫状态免疫功能低下患者需延长疗程至4-6周，HIV感染者可能需长期维持治疗，用药期间需监测CD4细胞计数。
4、并发症合并癫痫者需加用丙戊酸钠等抗癫痫药3-6个月，意识障碍患者需营养支持治疗直至神经功能恢复。
治疗期间定期复查脑脊液和影像学，恢复期可进行认知功能训练，饮食注意补充优质蛋白和B族维生素。
