直肠闭锁新生儿存活率与闭锁类型、并发症及治疗时机密切相关，多数患儿通过及时手术干预可获得良好生存机会。
1、闭锁类型低位闭锁患儿存活率显著高于高位闭锁，后者常合并泌尿生殖系统畸形或脊柱异常。
2、并发症是否合并先天性心脏病、食管闭锁等严重畸形会直接影响预后，复杂畸形可使死亡率上升。
3、治疗时机出生后48小时内完成肠造瘘等急诊手术的患儿，生存概率较延迟治疗者提高。
4、医疗条件具备新生儿外科重症监护的三级医院，可显著降低术后感染、败血症等致死性并发症风险。
建议产前超声发现胎儿直肠闭锁时，提前联系具备新生儿外科的医疗中心分娩，出生后立即评估闭锁位置及合并畸形，制定个体化手术方案。
