大肠埃希菌感染多数情况下可以治愈，治疗难度主要与菌株耐药性、感染部位、患者免疫状态、基础疾病等因素有关。
产超广谱β-内酰胺酶菌株可能导致常规抗生素失效，需根据药敏结果选择碳青霉烯类等药物，如美罗培南、亚胺培南、厄他培南。
单纯尿路感染易控制，但血流感染或中枢神经系统感染需静脉用强效抗生素，如头孢曲松联合阿米卡星，疗程需足够。
免疫功能低下者易发生反复感染，除抗感染治疗外需调节免疫，可使用胸腺肽等免疫增强剂辅助治疗。
合并糖尿病或泌尿系结构异常者需同时控制血糖或解除梗阻，否则易导致感染迁延不愈。
治疗期间建议多饮水，避免高糖饮食，完成规定疗程后需复查培养确认病原体清除。严重感染患者应及时住院治疗。
