肠道病毒71型感染可能引发脑炎、脑膜炎、急性弛缓性麻痹、肺水肿等并发症，按病情进展从轻到重排列。
1、脑炎肠道病毒71型侵袭中枢神经系统可能导致脑实质炎症，表现为发热、头痛、意识障碍。需及时进行抗病毒治疗，可选用干扰素α、利巴韦林、免疫球蛋白等药物控制感染。
2、脑膜炎病毒侵犯脑膜会引起颈强直、喷射性呕吐等脑膜刺激征。腰椎穿刺检查可确诊，治疗需联合使用甘露醇降颅压，辅以阿昔洛韦等抗病毒药物。
3、急性弛缓性麻痹脊髓前角运动神经元受损导致肢体对称性瘫痪，与脊髓灰质炎症状相似。需营养神经治疗，常用甲钴胺、维生素B1、鼠神经生长因子等药物。
4、肺水肿重症患者可能出现神经源性肺水肿，表现为呼吸困难、粉红色泡沫痰。需机械通气支持，使用呋塞米利尿，配合多巴胺维持循环稳定。
患者应保持呼吸道通畅，监测生命体征变化，恢复期可进行肢体康复训练，饮食选择易消化富含优质蛋白食物。
