肠胃真菌感染可通过粪便真菌培养、血清学检测、内镜检查及组织病理学检查等方式确诊。诊断需结合临床表现与实验室结果，常见致病菌包括白色念珠菌、曲霉菌等。
1、粪便真菌培养采集新鲜粪便样本进行真菌培养，阳性结果可明确肠道真菌定植或感染，需注意区分定植菌与致病菌。
2、血清学检测检测血液中真菌抗原或抗体，如β-D-葡聚糖试验、半乳甘露聚糖试验，适用于深部真菌感染的辅助诊断。
3、内镜检查胃肠镜下观察黏膜病变特征，可见白色伪膜、溃疡等典型表现，同时可获取活检组织进行病理学检查。
4、组织病理学活检组织经特殊染色（如PAS、银染）发现菌丝或孢子是确诊金标准，能鉴别真菌侵袭性与非侵袭性感染。
免疫功能低下者出现持续腹泻、腹痛时应尽早就医，避免自行使用抗真菌药物，确诊后需遵医嘱规范治疗并加强营养支持。
