嗜热链球菌使用后可能出现胃肠道不适、过敏反应、菌群失调及代谢异常等副作用。嗜热链球菌作为益生菌制剂，安全性较高但个体差异需注意。
1、胃肠道不适腹胀腹泻可能与菌株定植初期刺激肠黏膜有关，可减少用量或改用其他益生菌如双歧杆菌三联活菌、枯草杆菌二联活菌。
2、过敏反应皮疹瘙痒多因对菌体蛋白过敏，需立即停用并服用氯雷他定、西替利嗪等抗组胺药物，严重时需就医。
3、菌群失调长期过量使用可能抑制正常菌群，出现真菌感染症状，需停用并补充布拉氏酵母菌等真菌制剂调节。
4、代谢异常罕见情况下可能影响胆汁酸代谢，表现为肝功能异常，需监测转氨酶水平并使用熊去氧胆酸等保肝药物。
使用益生菌期间出现持续不适应及时就医，避免与抗生素同服，日常注意观察排便情况及皮肤反应。
