如生理性卵巢囊肿破裂出血，可做手术治疗，卵巢巧克力囊肿可选择药物治疗或做囊肿剥除手术。卵巢囊肿并没有最佳治疗方法，具体治疗方法需要根据囊肿的性质、大小以及对患者造成影响等方面决定。如属于卵巢生理性囊肿，一般不需要进行治疗，只有突发囊肿破裂出血的患者，需及时做手术治疗。卵巢子宫内膜异位症导致巧克力囊肿治疗方法很有多，包括药物性治疗和穿刺、囊肿剥除离手术等等，通过药物治疗可选择的药物如非甾体类抗炎药、口服避孕药、激素受体拮抗剂。卵巢囊肿的剥除术是较为彻底治疗方法，但术后仍有复发的可能。手术治疗法最适合性质不能明确的卵巢肿物，术后不仅可以明确肿瘤的病理性质，同时可以根据病理结果进行彻底治疗。
