支原体针对磺胺类、甲氧苄氨嘧、利福平和所有作用为抑制细胞壁合成的抗生素耐药。可用于支原体感染的抗生素包含，四环素类、大环内酯类、喹诺酮类及其他部分抗生素。四环素类是治疗支原体感染的首选药物，多西环素和米诺环素的疗效优于四环素。支原体对抗生素耐药较为普遍，有研究显示，支原体对米诺环素、阿奇霉素、多西环素、四环素均有不同程度的耐药。根据支原体的培养及药物敏感试验来寻求最敏感的药物，是目前治疗时选用药物的主要方法。一般疗程为两周左右，常用的药物有四环素、米诺环素、红霉素、阿奇霉素、克林霉素、环丙氟哌酸等。在妊娠期间，建议用红霉素或阿奇霉素。孩子可用红霉素或克林霉素。
