小儿慢性淋巴性甲状腺炎是小儿的自身免疫性疾病，多为缓慢发病无特殊感染。治疗方法由甲功的化验值决定。如果甲功在正常范围，可观察，如果稍微有点甲亢，暂时不要用甲亢药物治疗，甲低或甲状腺功能正常，但甲状腺明显增大的小儿，可用甲状腺素治疗。甲亢严重者可用小剂量抗甲状腺药物治疗，经过积极治疗甲状腺肿大多可消退，多需长期服用药物维持治疗。如果合并甲状腺功能低下，用甲状腺激素治疗，以免影响孩子的生长发育。家长要一直和医生保持联系，且要及时复查小儿的甲状腺功能，如果甲功正常，代谢功能正常，对小儿就不会造成影响。
