无论是先天性或后天性巨细胞包涵体病，肺炎常被其他全身严重症状所掩盖，新生儿巨细胞肺炎可表现为持续性呼吸窘迫，但同时常有肝脾肿大，黄疸，紫癜和中枢神经系统损害，生后数月发病者，肺炎亦可合并肝，脾增大，有时还并发卡氏肺囊虫肺炎，肺部症状多与其他非细菌性肺炎相似，有咳嗽，呼吸困难，发绀及三凹征等，听诊多无异常，与肺部X线改变不相平行，X线胸片可见广泛的索条状纹理增粗和小叶性炎症浸润灶，呈网点状阴影，患儿有病毒血症时，出现肝大和肝功能低下等慢性肝炎的表现，巨细胞病毒引起的单核细胞增多症难以与EBV引起的传染性单核细胞增多症鉴别。
