月经期头痛的主要原因有生理性因素，即雌二醇激素降低，月经期头痛可能与体内激素水平变化有关。因为在月经来潮前后，血清中的雌二醇激素浓度会有所降低，这时子宫血管和颅内外血管对五羟色胺等物质的敏感性就会大大升高，此时血管张力就会发生改变，较为敏感的女性就可感觉头疼。不过在经期过后，雌二醇激素恢复正常，疼痛感即可缓解。还有泌乳素的增加，经期雌激素可能会刺激泌乳素分泌，继而影响到前列腺素的分泌合成，可作用到血管，引起血管收缩扩张，从而出现头疼的症状，一些不良的生活习惯、环境刺激、精神压力过大等都可引起月经期的头痛。
