做肠镜存在一定风险，有造成肠穿孔、出血的可能性，尤其是在做肠镜下治疗，如息肉切除术时，会增加肠穿孔的风险，做无痛肠镜检查也可能增加肠穿孔的风险，但这些风险出现的几率都比较低。如果出现肠穿孔之后，患者必须要住院观察。如果患者肠道准备得较好，没有粪便从穿孔处漏入腹腔、穿孔较小，可以保守治疗，即患者需要禁食、禁饮，并给予胃肠减压以减少肠内容物和气体从穿孔处渗入腹腔而造成腹膜炎，并予静脉输注抗生素消炎治疗。如果穿孔比较大，患者肠道准备不好，有大量的气体和粪便涌入腹腔，造成腹膜炎，就需要紧急外科手术治疗。
