早上起床肚子痛是慢性胃病的症状，包括慢性胃炎、胃食管反流病、消化性溃疡、胃部肿瘤，如，胃癌、胃淋巴瘤等，患者可以做胃镜检查，明确诊断。因为慢性胃病较多是因为为胃酸增多所致，早上起床时，空腹状态下胃酸增多，刺激胃粘膜就会出现肚子痛的症状。造成慢性胃病的原因常常是幽门螺杆菌感染，患者还可以做碳13或碳14呼气试验检查明确有无幽门螺杆菌感染。因幽门螺杆菌可以刺激胃窦G细胞产生促胃泌素，促胃泌素可以刺激胃壁细胞产生胃酸，胃酸增多可以刺激胃黏膜，造成黏膜糜烂或溃疡等炎症改变。胃酸刺激胃糜烂灶或溃疡壁的末梢神经可以造成腹痛的症状。
