耐药肺结核的治疗时间分为耐单种药的肺结核、耐多药的肺结核。耐单种药的肺结核可以选取4到5种的敏感药物治疗9个月到1年。如果耐两种以及两种以上的耐多药肺结核可以治疗1年半到2年。耐多药肺结核强化期方案至少应由3种敏感药物组成，最好是4或5种药物联用，每日给药。如4个月以内痰菌转阴，说明治疗成功。可撤销一种或一种以上效果不佳且易造成副作用的药物。为了防止复发，痰菌阴转后至少继续化疗12到18个月，配合免疫治疗，并增加营养，以增强免疫功能。此类患者多有合并病和并发症，肝肾功能易受损害，应特别关注个体化用药，至少随访2到3年。
