尖锐湿疣冷冻治疗通常会有轻微到中度的疼痛感，多数患者可以耐受。
冷冻治疗利用液氮产生的低温使疣体组织坏死脱落，操作过程中可能出现刺痛、灼烧感或胀痛。疼痛程度因人而异，与疣体大小、数量及部位有关。面积较小的疣体疼痛较轻微，类似橡皮筋弹击皮肤的感觉；面积较大或位于会阴、肛门等敏感区域的疣体可能痛感更明显。治疗结束后2-3天内可能出现局部红肿、水疱，此时触碰会有持续隐痛。
部分痛觉敏感患者或儿童可能需提前使用利多卡因乳膏等表面麻醉剂。极少数情况下，冷冻过深可能导致皮肤色素脱失或瘢痕形成，但规范操作下概率较低。治疗后保持创面清洁干燥，避免摩擦可减轻不适。
