心源性脑栓塞能否痊愈取决于栓塞范围、治疗时机及基础心脏病控制情况，部分患者通过积极治疗可显著改善症状，但完全恢复概率较低。主要影响因素有栓塞部位、血管再通时间、并发症管理、康复训练依从性、基础疾病稳定性。
栓塞范围较小且及时接受溶栓或取栓治疗的患者，神经功能缺损可能得到较好恢复。早期静脉溶栓治疗能在黄金时间窗内溶解血栓，降低脑组织损伤程度。同时控制心房颤动等原发病，预防血栓再次形成，有助于改善长期预后。康复期进行肢体功能训练和语言康复，可促进神经功能代偿。
大面积栓塞或合并严重并发症的患者预后较差。脑干等关键部位栓塞可能导致长期意识障碍或呼吸循环衰竭。错过治疗时间窗会遗留偏瘫、失语等后遗症。合并肺部感染或多器官衰竭时，死亡率显著升高。高龄患者因血管条件差和代偿能力弱，恢复难度更大。
心源性脑栓塞患者需长期服用抗凝药物预防复发，定期监测凝血功能。低盐低脂饮食有助于控制高血压和动脉硬化，适度有氧运动可改善心肺功能。建议每三个月复查心脏超声和头颅影像，由神经内科和心内科医生联合评估病情进展。康复训练应持续六个月以上，家属需配合进行日常活动能力训练。
