(一)局部治疗 主要目的是消炎、止痛，促进溃疡愈合。治疗方法较多，根据病情选用：
1.含漱剂 0.25％金霉素溶液，1∶5000氯已定洗必泰溶液，1∶5000高锰酸钾溶液，1∶5000呋喃西林溶液等。
2.含片 杜米芬含片，溶菌酶含片，氯已定含片。
3.散剂 冰硼散，锡类散，青黛散，养阴生肌散，黄连散等是中医传统治疗口腔溃疡的主要药。此外，复方倍他米松撒布亦有消炎、止痛、促进溃疡愈合作用。
4.药膜 其基质中含有抗生素及可的松等药物。用时先将溃疡处擦干，剪下与病变面积大小相近的药膜，贴于溃疡上，有减轻疼痛，保护溃疡面，促进愈合的作用。
5.止痛剂 有0.5％～1％普鲁卡因液，0.5％～1％达克罗宁液，0.5％～1％地卡因液，用时涂于溃疡面上，连续2次，用于进食前暂时止痛。
6.烧灼法 适用于溃疡数目少、面积小且间歇期长者。方法是先用2％地卡因表面麻醉后，隔湿，擦干溃疡面，用一面积小于溃疡面的小棉球蘸上10％硝酸银液或50％三氮醋酸酊或碘酚液，放于溃疡面上，至表面发白为度。这些药物可使溃疡面上蛋白质沉淀而形成薄膜保护溃疡面，促进愈合。操作时应注意药液不能蘸得太多，不能烧灼邻近健康组织。
7.局部封闭 适用于腺周口疮。以2.5％醋酸泼尼龙混悬液0.5～1ml加入1％普鲁卡因液1ml注射于溃疡下部组织内，每周1～2次，共用2～4次。有加速溃疡愈合作用。
8.激光治疗 用氦氖激光照射，可使粘膜再生过程活跃，炎症反应下降，促进愈合。治疗时，照射时间为30秒～5分钟。一次照射不宜多于5个病损。
(二)全身治疗 因病因尚不清楚，治疗效果不够理想。
1.免疫抑制剂 目前认为本病与自身免疫性疾病有关，近年来试用免疫抑制剂治疗，部分病例有一定效果。若能经检查确定为自身免疫性疾病，采用免疫抑制剂则有明显疗效。常用药物为肾上腺皮质激素：泼尼松(强的松)5mg/片，地塞米松0.75mg/片，一日3～4次，每次1片。5天后病情控制则减量，每日减5～10mg。总疗程为7～10天后停药，如疗程长，为防止感染扩散，应加用抗生素。对严重白塞综合征，可住院后给予氢化可的松100mg或地塞米松5mg和四环素1g加入5％～10％葡萄糖液中，静脉滴注，病情好转后逐步减量。对有胃溃疡、糖尿病、活动期肺结核的患者应禁用或慎用。
2.免疫调节剂和增加剂
(1)左旋咪唑：用于需增强细胞免疫作用者。成人一日3次，每次50mg，连服2日，停药5日，2～3月为一疗程。常见的副作用有头痛、头错、疲乏、关节酸痛等，少数病例可发生粒细胞减少，在治疗过程中应定期作血常规检查。
(2)丙种球蛋白：适用于体液免疫功能减退者。在溃疡急性期时肌内注射1支(3ml)，必要时1周后可再注射3ml。不宜长期使用，因使用过多反造成人体免疫反应的抑制称反馈抑制。
(3)转移因子：可将免疫功能转移给无免疫的机体，以恢复其免疫功能。适用于细胞免疫功能降低或缺陷者。1ml内含5×109白细胞提取物。注射于淋巴回流丰富的部位如腋下或腹股沟处之皮下。每次1ml，每周1～2次，10次为一疗程，一般用一疗程即可。
(4)维生素：维生素类药物可维持正常的代谢功能，促进病损愈合。在溃疡发作时给予维生素C 0.1～0.2g，一日3次，复合维生素B每次1片，一日3次。
(5)女性激素：女性发病与月经周期有关者可慎用雌激素。已烯雌酚0.1mg，每晚服1次，自月经后5天起连服20天。
(6)微量元素：有血清锌含量降低者补锌后病情有好转，可用1％硫酸锌糖浆，每次10ml，每日3次;或硫酸锌片，每片0.1g，每次1片，一日3次。维酶素为核黄素衍生物，含有人体所必需的多种维生素、氨基酸、微量元素及一些辅酶，对有胃肠道疾病者有一定效果，可促进溃疡愈合，每次1g，一日3次，无副作用，可较长期服用。
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