1. 阿斯伯格综合征(AS)阿斯伯格综合征是广泛性发育障碍的一种类型，患儿有社会交流障碍和重复刻板行为，但是在语言和认知能力方面发育正常，而且多数AS儿童可能在认知的某些方面表现为超常，尤其是对文字、地图、统计表和火车时刻表的记忆方面。
2. 广泛性发育障碍未注明(PDD-NOS) 该诊断通常用于诊断那些轻型或不典型孤独症。
3. Rett综合征 Rett综合征仅见于女孩，患儿在早期发育正常，在大约6-24个月左右起病，病情发展通常经历四个阶段，早期起病停滞阶段(6-18月)、快速倒退阶段(1-4岁)、假性停滞阶段(学前-学龄早期)和晚期运动衰退阶段(5-15岁)。在第一和第二阶段出现孤独症样表现，包括语言功能的丧失、特征性的手部刻板"洗手"动作、智力显著倒退和过度通气。
4. 儿童瓦解性精神障碍 瓦解性精神障碍又称婴儿痴呆或Heller综合征，患儿在至少两岁以前发育正常。之后出现明显而迅速的语言、社交、游戏和适应能力倒退，大小便失禁等，早期发病者与孤独症的鉴别相当困难。
5. 儿童精神发育迟滞(MR) 部分MR儿童可以表现有孤独症样症状，多数孤独症儿童亦表现精神发育迟滞。可以根据孤独症儿童的社交障碍、行为特征以及部分特别认知能力加以鉴别。
6. 儿童精神分裂症孤独症儿童的某些行为方式类似精神分裂症，但是孤独症儿童不存在妄想和幻觉，鉴别不难。
7. 其他需要与孤独症鉴别的疾病还有注意缺陷多动障碍、严重学习障碍、选择性缄默症、感受性语言发育障碍等。
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