肠镜检查可能引起轻微不适或并发症，但总体安全性较高。肠镜的危害和副作用主要有检查前肠道准备不适、术中肠穿孔、术后腹胀腹痛、麻醉相关风险、肠道菌群紊乱等。
检查前需服用泻药清洁肠道，可能引发恶心呕吐、腹部绞痛或脱水。部分人群对聚乙二醇电解质散等清肠药物敏感，可能出现电解质紊乱。建议按医嘱分次服用清肠剂，适当补充糖盐水缓解症状。
肠镜操作时器械可能损伤肠壁导致穿孔，概率较低但后果严重。肠道粘连、憩室炎或肿瘤患者风险较高，表现为突发剧烈腹痛和腹膜刺激征。需立即禁食并接受腹腔镜修补术，术后使用头孢呋辛酯片预防感染。
检查中注气扩张肠道可能引发持续数小时的胀气感。活检后可能出现隐痛或少量出血，通常2-3天自愈。可热敷腹部，避免剧烈运动，若疼痛加重或便血需就医排除迟发性穿孔。
无痛肠镜使用丙泊酚等静脉麻醉药，可能引起呼吸抑制、低血压或过敏反应。高龄、肥胖或心肺疾病患者需提前评估风险，检查中需持续监测血氧，术后可能出现短暂头晕恶心。
清肠过程会清除部分肠道益生菌，可能导致短期腹泻或便秘。可适量补充双歧杆菌三联活菌胶囊调节菌群，2周内避免辛辣刺激饮食，逐步恢复高膳食纤维摄入。
检查后24小时内避免驾驶或高空作业，麻醉完全代谢前需有人陪同。出现持续发热、便血或剧烈腹痛应立即返院。日常可增加酸奶、纳豆等发酵食品摄入，定期进行肛门收缩锻炼改善肠道功能。选择经验丰富的医疗机构操作能显著降低并发症概率，无需因担忧副作用延误必要检查。
