自体脂肪填充的危害主要有以下几个：
一、血管栓塞，在自体脂肪移植的过程中，用注射器将自体脂肪注射到相应部位，如果操作中不注意回抽，有可能将脂肪注入到血管中，如果注射到小血管及局部供血部位的组织和器官可能会发黑，患者感觉疼痛，如果注射到大血管，如眼动脉，患者可能立即失明，如果脂肪随着血液循环到达肺部，可能造成肺栓塞。
二、脂肪液化，注射到相应部位的脂肪，不会再全部成活，一般存活在70%左右，未成活的脂肪有可能发生液化，局部会流脓、流液，患者会有疼痛感。
三、感染，自体脂肪需要多次、多点注射，因此可以将细菌和病毒带入皮下，如果感染了局部患者可能只有疼痛，则口服抗生素即可。如果感染随血液循环到达全身，患者会出现发热症状，就应应用静脉抗生素抗感染治疗。