自体毛发移植过程中会有轻微疼痛感，但通常可以耐受。手术前会进行局部麻醉以减轻不适，术后可能出现短暂胀痛或刺痛，一般1-3天内缓解。
手术中使用的麻醉药物能有效阻断痛觉神经传导，多数患者仅感受到轻微牵拉感或压力。现代微创技术如FUE毛囊单位提取术创口直径小于1毫米，术中出血量少，疼痛程度低于传统切取头皮条技术。术后麻醉效果消退后，供区可能出现类似擦伤的隐痛，受区因毛囊植入会有紧绷感，口服非甾体抗炎药如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片或塞来昔布胶囊可缓解。
极少数对疼痛敏感体质者可能出现持续灼痛，可能与个体神经分布差异或术后肿胀有关。若出现剧烈疼痛伴渗液、发热需警惕感染，需及时复查。糖尿病患者或瘢痕体质人群痛阈较低，术前应充分评估。术后72小时内避免触碰移植区，睡眠时垫高头部可减轻充血性疼痛，避免服用阿司匹林肠溶片等抗凝药物以防加重出血。
术后保持移植区清洁干燥，按医嘱使用抗生素软膏如莫匹罗星软膏预防感染。避免剧烈运动5-7天以减少渗血风险，饮食宜清淡并补充优质蛋白促进毛囊存活。选择正规医疗机构进行操作，术前完善凝血功能等检查可最大限度降低并发症风险。