鼻窦霉菌感染不一定需要手术，多数情况下可通过药物治疗控制，仅在药物无效或出现严重病变时考虑手术。
鼻窦霉菌感染的治疗方案需根据感染程度和患者个体差异制定。轻度感染通常采用抗真菌药物如氟康唑胶囊、伊曲康唑胶囊或两性霉素B注射液进行规范治疗，同时使用生理盐水冲洗鼻腔帮助清除分泌物。对于合并细菌感染的患者可能需加用抗生素如阿莫西林克拉维酸钾片辅助治疗。规范用药后多数患者症状可得到明显改善，影像学检查显示病灶逐渐吸收。
当患者存在鼻腔解剖结构异常导致引流不畅，或出现骨质破坏、眶内及颅内并发症等严重情况时，则需要考虑功能性鼻内镜手术。手术目的在于清除病灶、恢复鼻窦通气引流功能，术后仍需配合抗真菌药物治疗。高龄、免疫功能低下或合并糖尿病的患者更容易发展为重症，这类人群若药物治疗效果不佳更需积极评估手术指征。
患者应保持鼻腔清洁干燥，避免接触霉变环境，免疫力低下者需定期监测血糖和免疫功能。出现持续头痛、视力改变或发热等症状加重时须及时复诊，由医生评估是否调整治疗方案。治疗期间建议摄入富含优质蛋白和维生素的食物以增强抵抗力，但须避免高糖饮食以免加重真菌生长。