自体脂肪去黑眼圈可能出现脂肪吸收不均、局部硬结、感染风险等缺点。该技术通过抽取自身脂肪填充至眼周，虽排异反应低，但存在一定并发症概率。
脂肪存活率不稳定可能导致填充效果不持久或不对称。个体脂肪代谢差异会使部分移植脂肪被吸收，需多次手术维持效果。注射层次过浅可能形成皮下结节，触诊时有硬块感。操作不当可能损伤血管神经，引发淤青或暂时性麻木。术后护理不当可能诱发感染，出现红肿热痛等炎症反应。
眼周皮肤薄且血管丰富，脂肪注射后可能压迫微循环形成眼袋样膨出。脂肪颗粒处理不彻底可能引发脂肪钙化，形成肉眼可见的白色颗粒。极少数情况下可能发生脂肪栓塞，导致视力障碍等严重并发症。过敏体质者可能对麻醉药物或术中辅助材料产生不良反应。
建议术前完善凝血功能和眼部检查，选择经验丰富的整形外科医师操作。术后48小时内冰敷减轻肿胀，避免揉眼或剧烈运动。出现持续疼痛、视力变化需立即就医。长期注意防晒保湿，配合射频类仪器护理可延长效果维持时间。