减肥药的危害程度因药物成分、使用方式和个体差异而有所不同，可能引发胃肠不适、心血管风险、肝肾损伤、内分泌紊乱及药物依赖等问题。
部分减肥药通过抑制食欲或加速代谢达到减重效果，但可能刺激胃肠黏膜导致恶心呕吐、腹痛腹泻。含有泻药成分的产品可能引发电解质紊乱，长期使用会削弱肠道自主蠕动功能。某些中枢神经抑制剂可能升高血压、加快心率，增加心律失常或心肌缺血风险。部分非法添加西布曲明等成分的减肥药已被证实与心脑血管事件相关。肝脏是药物代谢的主要器官，部分减肥药可能导致转氨酶升高甚至急性肝衰竭。肾脏也可能因药物毒性出现滤过功能下降，表现为肌酐升高或蛋白尿。部分减肥药会干扰甲状腺激素、胰岛素等内分泌激素水平，可能诱发甲亢或血糖异常。含有安非他命类衍生物的减肥药可能产生精神依赖，停药后出现焦虑抑郁等戒断反应。
使用减肥药期间应定期监测血压、心率、肝肾功能等指标。出现持续头痛、胸闷、黄疸或尿量明显减少时应立即停药就医。不建议自行购买网络渠道销售的减肥产品，部分三无产品可能非法添加利尿剂、甲状腺素等危险成分。减重应通过科学饮食管理和适度运动实现，BMI未达到肥胖标准者无须药物干预。有慢性病或长期服药史者使用减肥药前必须咨询医生，避免药物相互作用。哺乳期女性、青少年及老年人等特殊人群更应谨慎使用减肥药。
