自体毛发移植过程中通常会有轻微疼痛感，但多数情况下可以耐受。手术前会进行局部麻醉以减轻不适，术后可能出现短暂肿胀或隐痛。
手术过程中使用的麻醉药物能有效阻断痛觉神经传导，患者主要感受到的是注射麻醉时的短暂刺痛，类似打针的疼痛程度。移植操作阶段由于麻醉作用，通常仅有轻微牵拉感或压力感。现代无痕植发技术采用更细的器械，进一步减少了毛囊提取和植入时的不适。
少数对疼痛敏感的人群可能在麻醉消退后出现明显胀痛，这种情况多发生在术后1-3天内。采用FUE技术比传统FUT技术术后疼痛感更轻，因为避免了切取头皮条带来的伤口。术后医生会开具非甾体抗炎药帮助缓解不适，冰敷也能有效减轻肿胀带来的疼痛。
术后应保持头部清洁干燥，避免抓挠移植区，睡觉时垫高枕头有助于减轻肿胀。饮食上注意补充优质蛋白和维生素促进毛囊修复，短期内避免剧烈运动或高温环境。若出现持续剧烈疼痛或异常渗液需及时复诊，排除感染等并发症。
