自体毛发移植过程中通常会有轻微疼痛感，但多数人可耐受。手术前会进行局部麻醉以减轻不适，术后可能出现短暂胀痛或头皮紧绷感。
手术中使用的麻醉药物能有效阻断痛觉神经传导，操作时患者主要感受到器械接触头皮的牵拉感或压力感。采用现代微创技术如FUE毛囊提取时，创口直径小于1毫米，疼痛刺激较轻。部分敏感体质者在麻醉注射时可能出现短暂刺痛，但持续时间不超过10秒。术后24小时内麻醉消退后，取发区和种植区可能出现类似晒伤的灼热感，这种不适通常2-3天逐渐缓解。保持头部抬高姿势睡眠、避免触碰移植区域有助于减轻肿胀带来的压迫性疼痛。
极少数情况下，患者可能对麻醉药物敏感或术中情绪紧张导致痛阈降低。存在慢性疼痛疾病或偏头痛病史者，术后可能出现持续性隐痛。若术中损伤较大神经分支，可能引起局部感觉异常。糖尿病患者或凝血功能异常者创口愈合较慢，可能延长疼痛持续时间。这些特殊情况发生率低于5%，术前全面评估健康状况可有效预防。
术后应按医嘱服用止痛药物，避免服用阿司匹林等影响凝血的药物。保持移植区域清洁干燥，避免抓挠或摩擦。出现剧烈疼痛、持续出血或明显红肿时应及时复诊。恢复期间避免剧烈运动和高温环境，饮食注意补充优质蛋白和维生素促进毛囊修复。
