睫毛移植手术存在一定风险，主要包括感染、毛囊损伤、术后肿胀、移植睫毛生长异常、瘢痕形成等。睫毛移植属于微创手术，需由专业医生操作以降低风险。
感染是睫毛移植术后较常见的风险，手术过程中若消毒不严格或术后护理不当可能导致局部感染，表现为红肿、疼痛甚至化脓。毛囊损伤可能因操作不当导致供区或受区毛囊受损，影响毛发生长或导致永久性脱发。术后肿胀通常在术后1-3天达到高峰，多数在1周内消退，少数可能持续更长时间。移植睫毛生长异常包括生长方向不规则、睫毛过粗或过细，与毛囊取材部位特性及移植技术有关。瘢痕形成多见于供区取发部位，与个体瘢痕体质及手术创伤程度相关，可能形成点状或线状瘢痕。
术后需保持手术部位清洁干燥，避免揉搓或沾水，遵医嘱使用抗生素眼药水或药膏预防感染。避免剧烈运动或低头动作以减少肿胀，睡眠时垫高头部有助于消肿。移植睫毛会经历2-4周的脱落期，3-6个月后逐渐自然生长，期间避免使用睫毛夹或睫毛膏。选择正规医疗机构和经验丰富的医生可显著降低手术风险，术前需充分沟通预期效果及可能并发症。瘢痕体质、眼部活动性感染、严重全身性疾病患者不宜进行该手术。
