单纯痘疹感染的重要特点是疱疹病毒可长期蛰伏于体内。其间可因受激惹而反复发作。单纯疱疹的发病机制系因病毒入侵后可长期潜伏在病损部位神经支配区域的神经节内，如二叉神经节、迷走神经节、骶神经节等。

潜伏的病毒基因组游离存在于神经细胞内，甚至可整合于宿主细胞染色体上：当其受某种因素激惹后即可活化，病毒沿神经于下行扩散到所主配区域，表现为疱疹复发。

病毒在皮肤黏膜上皮细胞的基底层及中层增殖。受染细胞发生退行性变，核染色质固缩，产生特征性的细胞核内嗜酸性包涵体（CowdryA包涵体）；相邻受染细胞的胞膜融合，形成多核巨细胞；细胞坏死崩解后形成单房性薄壁水疱，四周可绕以红晕，局部呈炎症反应。在韧发性疱疹患者，围绕水疱周围Ⅲ现的深屡炎症反应较重，复发性疱疹则鞍轻。水疱溃破后表层蜕皮，数小时内产生浅表性溃疡。皮肤黏膜部位的疱疹损害多局限，但新生儿及免疫力低下者则可能形成病毒血症，甚至全身性感染。累及重要脏器。对于疱疹性脑炎或新生儿播散性疱疹患者。其实质器官病灶处的充血反应乃至出血性坏死现象比皮肤损害处更为显著，故病情较严重。