淋球菌侵入细胞的步是借助其外膜上的菌毛和蛋白Ⅱ粘附到阴茎或阴道的粘膜上皮细胞上，然后直接侵入上皮细胞或刺激上皮细胞吞噬而进入的。淋球菌进入上皮细胞后就开始增殖，并使上皮细胞溶解，进而进入粘膜下间隙，从而突破粘膜屏障，引起粘膜上皮的皮下感染。如果淋球菌从粘膜感染部位侵入血液，可在各个组织中引起淋球菌感染，称为播散性淋球菌感染。

传染方式：通过性接触传染：主要是通过性交或其他性行为传染。男性淋病几乎都是是由性交接触引起的，女性淋病也可由性交直接感染，也可由其他方式感染。淋病患者是传染源，性接触是淋病主要传播方式，传播速度快，而且感染率很高，感染后3-5天即可发病。也可通过被患者分泌物污染的衣服、被褥、便盆、医疗器械而间接传染，特别是幼女常通过间接途径而被感染；新生儿可通过患淋病孕妇的产道而被感染，引起淋菌性结膜炎。非淋是指除了淋球菌以外的细菌感染，感染人群中以青壮年为主。

人类是淋球菌的唯一天然宿主，主要侵犯粘膜，尤其对单层柱状上皮和移行上皮所形成的粘膜有亲和力。感染后淋菌侵入男性前尿道、女性尿道及宫颈等处，由于其表面的菌毛含有粘附因子，因而粘附到柱状上皮细胞的表面进行繁殖，并沿生殖道上行，通过柱状上皮细胞的吞噬作用而进入细胞内繁殖，导致细胞溶解破裂，淋球菌遂被排至细胞外的粘膜下层。淋球菌内毒素及淋菌表面外膜产生的脂多糖与补体结合产生一种化学毒素，能诱导中性粒细胞聚集和吞噬引起局部急性炎症，出现充血、水肿、化脓和疼痛。当细菌进入尿道腺体和隐窝后，腺管开口及隐窝被阻塞，潜藏的细菌成为慢性淋病的主要病灶。