ATD的再评价近年来对ATD最大的争议是治愈率较前有所降低。认为可能与普遍食盐加碘及食物中含碘增多等因素有关。但纵观ATD使用后的报道及相关研究，ATD治愈率的报道一直有较大差异。导致这些差异的主要因素有：

第一，与药物治疗适应证的选择有明显关系。如果不加选择地采用药物治疗，其治愈率一般都较低，这是由于一部分甲状腺明显肿大者，药物最终治愈的可能性较小。

第二，与治疗方法及疗程等有关。很早期的研究就已得出了明确的结论，对Graves甲亢的ATD使用需2年以上的长程治疗，疗程较短、尤其短于6个月的治疗肯定持久缓解率很低。疗程达2年后也应认真评估后再考虑是否停药，否则复发可能性大。对于甲状腺仍明显肿大、控制甲亢症状所需要的ATD维持剂量较大、甲状腺刺激抗体（I'SAb）阳性者，应再延长治疗。有观察认为疗程越长治愈率越高，所以更长时间的治疗有可能进一步提高治愈率。

第三，与所选择的药物有关，临床常用的药物为咪唑类和硫脲类，虽然两者抗甲状腺作用机制相同，但半衰期及效能均有较大差异。丙基硫氧嘧啶半衰期短，抗甲状腺激素合成的效能为咪唑类药物的1/10，尽管临床上以10倍于咪唑类的剂量使用，但因半衰期短，临床上实际治疗效果仍然较差，丙基硫氧嘧啶的临床疗效要弱于咪唑类。

除了上述因素外，个体化的因素也很重要，如有应激因素存在、过度劳累、生活不规律等。

关于心、肝功能损害等甲亢并发症甲亢如果长期未得到良好控制可发生甲亢性心脏病、心力衰竭及肝功能异常等。此主要因甲亢未能良好控制，与所采用的治疗方法无直接关系。除了个别患者存在对ATD的抵抗外，ATD可使绝大部分甲亢患者的甲状腺功能得到有效控制，由甲亢所引发的心功能异常和肝功能损害均可逐渐恢复。

临床上的确存在部分患者ATD治疗了好多年，不但甲亢没能有效控制，反而发生了甲亢性心脏病及肝功能异常等情况。发生这些情况的主要原因是这些患者服药很不规律，又未定期监测，导致甲状腺功能未能有效控制。如果规律治疗、定期监测、适时调整剂量就不会出现上述情况。