很多因素都可以导致脸部疼痛，即面部疼痛，不一定是三叉神经痛。

三叉神经痛与头部面部很多疼痛疾病相似，难以区分，三叉神经的诊断主要依靠典型的临床表现，一般应具备以下特征：发作性头痛，呈阵发性、烧灼、刀割、撕裂或针刺样疼痛，间歇期如常人，有扳机点，疼痛严格分布于三叉神经分布区，多为单侧，右侧多见，常见于上颌支和下颌支。

神经系统阳性体征不明显，可有轻微的疼痛侧面部感觉减退。

CT和MRI检查可排除继发性三叉神经痛。3D-TOF-MRA检查，大多数患者可见三叉神经受周围血管压迫。

与牙痛相区分多为炎症所致，其特点为持续性胀痛、钝痛、跳痛，局限于牙龈，不向其它部位放射，口腔检查可见牙龈红肿、叩痛等，治疗患牙后疼痛消失。

与偏头痛相区分为血管舒缩失衡造成的单侧头痛，常见于青年、中年女性、常有头痛史或家族史。常有诱发因素如疲劳、月经、情绪激动等。疼痛范围可超出三叉神经分布区域，疼痛为钝痛，持续时间长，可伴有恶心、呕吐等。

与舌咽神经痛相区分其疼痛性质与三叉神经痛相同，发病率约为三叉神经痛的1%，易与三叉神经第三支痛混淆。其疼痛部位在一侧舌根、软腭、扁桃体和咽部，少数表现为耳部疼痛，多位于耳深部或耳后，疼痛为阵发性，进食、说话或吞咽动作可诱发疼痛发作。用4%可卡因、1%地卡因喷于咽部可使疼痛缓解，有利于舌咽神经痛的确诊。

与三叉神经炎区分可由流感、上颌窦炎、额窦炎、下颌骨骨髓炎、伤寒、疟疾、糖尿病、痛风、酒精中毒、铅中毒、食物中毒等引起。疼痛呈持续性，压迫神经分支疼痛加剧。三叉神经分布区感觉减退或过敏，可伴有运动支功能障碍。

其他，如三叉神经痛与舌咽神经痛并存，面部整容后疼痛、多发性硬化等。

只有明确诊断才能有正确的有效的治疗。