目前首选药物为华法林口服抗凝，一天一次，一次3mg,前3个月没一周复查一次凝血四项，将INR指标控制在2-3之间，且较为稳定后在改为每月复查一次凝血四项。对于一般的下肢深静脉血栓患者，ACCP长期抗凝3~6个月。对于某些存在凝血机制异常等高危因素的患者，则建议终身抗凝。抗凝治疗是具有一定的风险性的，其中包括肝素诱导的血小板减少，皮肤黏膜、消化道、尿道甚至颅内等部位的出血，等等。这就使抗凝治疗常常处于两难的地步：如果药物剂量不足，则无法达到满意的治果;而万一剂量超标，出血的风险就会大大增加，甚至还会危及生命。因此，正规、专业的抗凝治疗方案应当在一开始就由血管外科医师根据病人的个体情况（血栓危险因素、身体一般状况、生活习惯等）来制订。在抗凝过程中，血管外科医师还会根据病人情况检测凝血指标，并根据检查结果不断调整药物。

目前对于一些经济条件较好的患者也可以选着口服利伐沙班特点不用频繁复查凝血，致死性出血发生率较华法林低，但价格昂贵。