不明原因的肛肠疼痛可能是痔疮、结肠炎、肛窦炎等原因引起的，可以选择局部用药、口服药物等方法治疗。

1、痔疮：

痔疮可能是不良生活习惯、便秘等原因导致的，患病后会使外痔血管破裂，导致血液淤积在外痔皮下，引发肛肠不适感，可以在医生的指导下使用马应龙麝香痔疮膏、肛泰软膏、九华膏等药物治疗。

2、结肠炎：

结肠炎与细菌感染、病毒感染等原因有关，患病后会使身体发生腹泻，导致肛门受到刺激，引发肿胀、坠痛感等症状，可以遵医嘱服用肠炎宁片、美沙拉嗪肠溶片、参苓白术散等药物治疗。

3、肛窦炎：

肛窦炎可能是不良饮食、长期酗酒等原因引起的，患病后会使肛窦出现炎症，在粪便的压迫下可能会引起肛门灼痛，还会伴有肛门异物感、脓性分泌物等症状，可以在医生的指导下使用莫匹罗星软膏、美沙拉嗪栓、吲哚美辛栓等药物治疗。

除以上原因外，还可能是肛裂等原因导致的，平时可以吃一些新鲜的水果和蔬菜，比如苹果、猕猴桃、西红柿、胡萝卜等，多喝一些水，注意适当的休息，保持良好的心情，有助于身体恢复。