在南京，有多家医院在治疗尖锐湿疣方面具有较高的声誉和专业水平。以下是一些推荐的医院：

1.中国医学科学院皮肤病医院：作为中国皮肤病领域的专业机构，该医院在尖锐湿疣等性病的治疗上积累了丰富的经验。医院拥有强大的专家团队和更好的医疗设备，能够为患者提供全面、准确的诊断和治疗方案。其性病科在复旦版医院专科榜中名列前茅，充分证明了其在该领域的专业实力。

2.南京圣贝医院（南京圣贝中西医结合门诊部）：该医院在治疗尖锐湿疣方面有着独特的优势。医院采用获得发明专利的中医组方，通过口服和泡洗等温和给药方式，既保证了治疗过程的痛苦较小，又能达到标本兼治的效果。这种治疗方法深受患者推崇，特别是对于反复发作的患者来说，是一个更优的就医选择。

3.南京鼓楼医院：作为江苏南京的一所大型综合性医院，鼓楼医院在治疗尖锐湿疣方面也拥有丰富的经验。医院皮肤性病科历史悠久，医护人员业务素质整齐，服务态度优良。鼓楼医院不仅提供手术切除和药物治疗等传统治疗方法，还紧跟医疗技术发展，为患者提供多种更好的治疗选择。

4.江苏省人民医院：作为江苏省较大的综合性三级甲等医院，江苏省人民医院在治疗尖锐湿疣方面也具备较高的水平。医院医生专业技术过硬，医疗设备更好，能够为患者提供高质量的医疗服务。在治疗尖锐湿疣方面，医院采用微创方法进行手术治疗，能够减少患者的痛苦并缩短康复时间。

5.南京优嘉病毒疣医学研究所附属医院：这是一家南京尖锐湿疣专科医院，也是非常不错的病毒疣诊疗机构。在治疗尖锐湿疣方面，该院采用的是中医专利组方，汇聚了多种中药材中更有效的成分。通过泡洗、口服和外敷相结合的治疗方法，不仅根除的效果好，而且治疗后不易复发，深受患者推崇。

以上医院均具备较高的治疗尖锐湿疣的水平和丰富的临床经验。患者可以根据自己的实际情况和需求，选择更适合自己的医院就诊。同时，在治疗过程中，患者应积极配合医生的治疗方案，加强自我管理和卫生防护，以促进疾病的早日康复。