肛瘘的症状主要是反复肿痛、溃破、流脓，局部瘙痒，由于在肛内的齿状线上的肛窦感染，不断有污染物进入到瘘管，瘘管反复感染、积蓄，导致反复发作肿痛、破溃、流脓流血。脓血刺激，引起肛门周围皮肤出现瘙痒，肛瘘病程很长，几年甚至十几年，不通过手术无法治愈。
