十二指肠溃疡的疼痛位于上腹部，多为上腹正中或略偏右，具体疼痛部位可因溃疡位置的不同、病情不同而有所差异。
典型的上腹疼痛是发生于空腹状态的，也就是饭前空腹饥饿时出现的，进食后疼痛可以缓解，吃碱性食物如苏打饼干也可以缓解。患者常常会在在上午十点到十一点，下午四到五点出现疼痛。还会出现于夜间空腹的状态下，特别是后半夜，常常会痛醒。疼痛多为烧灼样或钝痛，呈“节律性”疼痛，即“疼痛--进食--缓解”。疼痛有时可放射到后背对应的部位。可伴有反酸，呕吐，胃胀。
典型患者的上腹痛症状往往有季节规律，在秋冬或冬春换季时发生，多年间反复出现和缓解也很常见，即所谓“周期性”疼痛，可自行缓解。饮酒或饮食不节制时疼痛会加重，紧张劳累时会加重。
当十二指肠溃疡严重时会出现穿孔，从而发生突然的、剧烈的全腹痛，难以忍受，需要急诊救治。还有少数的十二指肠溃疡患者没有疼痛等症状，是“沉默的溃疡”。这类溃疡更容易出现并发症。
十二指肠溃疡疼痛的部位是因病情而有所变化的，所以有溃疡病史的患者，如果出现腹部疼痛，无论哪里，都应到医院做检查，查明原因，以免延误病情。
