昏睡病又称为睡眠病，以过度睡眠为主要临床表现。非洲昏睡病的疾病过程中可以发生各种并发症。并发症与疾病的病程进展有关，如发生心肌炎、影响生长发育等。
急性期呈现急性感染性疾病的征象。罗得西亚昏睡病起病急、病情重，表现为弛张型高热、严重头痛、头昏、乏力、贫血、手与足及眶周组织皮下水肿、疼痛，并且出现典型的环形红斑。颈后三角区淋巴结肿大、压痛性淋巴结病，肝脾肿大。冈比昏睡睡病病情较轻，体征和症状在数月和数年内间歇发作，数年后出现神经系统损害。
睡眠障碍出现于病程后期。随着脑组织的直接受累，出现神经精神症状，过度睡眠是突出的临床特征。患者常常面无表情、眼睑下垂、无精打采、毫无活力、反应迟钝、讲话声音低微。白天睡眠增多，甚至就餐时也能睡着，夜间睡眠的连续性差。根据神经系统受累程度不同可以出现相应的体征：手指震颤、舌抖动或舞蹈样动作。癫痫发作常见，特别是在脑组织受累的早期或癫痫持续状态后。本病若不及时治疗，患者将逐渐变得极度衰弱，进入癫痫持续状态、高热、继发感染和昏迷状态，常导致死亡。罗得西亚昏睡病是最严重的一种，若不治疗通常在1年内死亡。
