房室管畸形是由胚胎发育过程中心脏管道的异常形成引起的。一般来说，心脏发育过程中，从原始心腔向外分别形成了主动脉、肺动脉、上腔静脉、下腔静脉等，同时也形成了包裹着心脏的两层膜状物——心包和心壳层。在胚胎发育初期，心脏的管道并没有分化为两个心房和两个心室，而是形成了一个中间心腔，同时在其前端和后端形成了两个与心腔相通的通道——下腔静脉和主动脉导管。
在正常情况下，下腔静脉和主动脉导管分别会在心腔内形成独立的通道。但是，在某些情况下，这个分化过程出现了问题，形成了一种心脏结构异常，即为房室管畸形。这种疾病可以表现为心脏两个房室之间的通道未能完全闭合，导致血液在房室之间相互混合，从而使身体无法得到足够的氧气和营养，同时也使心脏的负担变得更加沉重，最终会导致多种身体器官灾难。
房室管畸形是由于心脏在发育过程中的异常形成引起的，但其具体病因仍需进一步的研究。
