肛周肿瘤很容易侵犯肛门括约肌而引起症状，但在早期症状往往为非特异性，容易被病人和医师忽视而导致延误诊断。肛周肿瘤在急性发作期会引起剧烈疼痛，根据世界卫生组织发布的疼痛分级，肛周肿瘤引起的疼痛属于重度痛，其发病原因主要为感染：
HpV感染与生殖器尖锐湿疣的发生相关，HpV在体内可以有长达40年的潜伏期，因而可以增加鳞状细胞癌的发病率。鳞状细胞癌与生殖器尖锐湿疣病史明显相关，而移行细胞癌与此无关。应用pCR检测HpV-DNA发现，80％以上的鳞状细胞肛管癌组织内呈阳性。
肛门上皮细胞癌在男性同性恋病人中阳性率也可达80％。在女性病人及男性同性恋病人，高致癌类型人HpV感染更常见，且多在肛管癌组织内呈阳性反应，而肛门周围的皮肤癌却很少呈阳性反应。由此可见，肛管癌正像子宫颈癌一样，HpV参与了肿瘤的发生。在55％肛管癌病人的血清中可以检测到HpV-16抗体，因此HpV-16抗体或许可以作为肛管癌的一项肿瘤标记物。在无生殖器湿疣的女性病人，肛门癌与Ⅰ型单纯疱疹和沙眼衣原体相关；而在无生殖器湿疣的男性病人则与淋病有关。
