卵巢囊肿的发生可能是受到内分泌因素的影响，由于身体多种多样内分泌系统功能出现异常协同效应，造成子宫卵巢雄性激素的过多，从而引起卵巢囊肿的发生。
另外，激素药物的影响也会造成卵巢囊肿，比如蔬果表面残留的农药、能快速减肥或是丰胸的药物以及避孕药等。
饮食因素也是引发卵巢囊肿的重要原因之一，如果高胆固醇饮食，或是饮食不均衡，会造成体质过度酸化，从而容易造成各种卵巢疾病、内分泌失调以及免疫功能下降，从而就会发展为卵巢囊肿。
环境因素也是卵巢囊肿的诱发因素之一，如电离辐射及石棉、滑石粉等会影响女性体内卵母细胞而增加诱发卵巢囊肿的几率。
除此之外，遗传因素及心理因素也可能与卵巢囊肿的发生有关。
