雌孕激素替代治疗对于年轻的卵巢早衰患者来说是非常重要的，即可以缓解低雌激素症状及泌尿生殖道萎缩(为赠卵胚胎移植作准备)，又可以预防远期并发症(骨质疏松、老年性痴呆症等)、结肠癌的风险降低37%。但长期HRT也有一定的风险，如子宫内膜癌和乳腺癌的发生，但研究表明孕激素每月应用时间大于10d时的雌孕激素替代治疗可使子宫内膜癌的风险几乎降至零，而乳腺癌的风险略有增加，但死亡率不增高。通常采用雌、孕激素序贯联合方案。在应用HRT之前，应进行个体化的利弊权衡，并进行必要的监测和随访。HRT的最新观点认为孕激素的应用会增加乳腺癌的风险，但不用孕激素又会增加子宫内膜癌的风险，所以对于没有生育要求的卵巢早衰患者，可以应用经皮吸收的雌激素贴片，没有肝脏的首过效应从而减少对肝功能的损害，同时带孕激素的宫内环减少内膜癌的风险又不增加乳腺癌的风险，两全其美。对于已经切除子宫的卵巢早衰患者，则可仅应用雌激素的皮肤贴片，不必用孕激素。
预防骨质疏松：除HRT外，每天保证1200mg的钙的摄入。VitD 400-800IU/天，进行必要的体育锻炼，如走路、瑜珈或太极等。
对于卵巢早衰患者，HRT雌激素用量应比绝经妇女多，因为年轻的卵巢早衰患者需要更多的雌激素来缓解血管舒张症状和维持正常的阴道粘膜。所以一般用雌激素制剂共21d/月，后10d加孕激素。戊酸雌二醇属天然雌激素，其药效和药代动力学和E2相同，更符合生理，所以对于计划怀孕的妇女可推荐使用。
很多文献报道在HRT治疗期间或停药后的短期内卵巢早衰患者发生排卵或妊娠。并解释可能的机理是雌激素通过负反馈减少循环中高浓度的FSH，从而解除了高促性腺激素对颗粒细胞的促性腺激素受体的降调节，随着受体的增加，卵泡内残留的卵泡恢复对促性腺激素的敏感性，从而增加排卵和妊娠的可能。
