鹅口疮常见于患儿的唇、舌、颊侧黏膜、软腭与硬腭，可看到这些部位的黏膜充血、水肿，表面有散在的凝胶状斑点，逐渐扩大，融合形成白色微凸的片状假膜，但这种假膜不易擦去，如强行擦去会留下出血创面。
有些患儿没有明显的全身症状，有些患儿会因为疼痛拒绝进食、啼哭。如受损的黏膜治疗不及时，可不断被累积，蔓延到咽部、扁桃体、牙龈等。严重者可蔓延至食管、支气管，引起念珠菌性食管炎或肺念珠菌病，出现呼吸困难和吞咽困难，更有严重者甚至可继发其他感染，造成败血症。
