疱疹性咽峡炎常突起发热及咽痛，可影响吞咽，伴流涎，发热多为低度或中等度，也可高达40℃以上，甚至引起抽搐，热程大多2-4天。有时有头痛、腹痛或肌痛，可伴发呕吐。起初咽部充血，并有散在灰白色疱疹，直径1-2mm，四周饶有红晕，2-3天后红晕加剧扩大，疱疹破溃，形成黄色溃疡，数目多少不等，大致在5个左右。此种黏膜疹多见于扁桃体、软腭、悬雍垂，但不见于齿龈及颊粘膜，与单纯疱疹病毒引起的疱疹性龈口炎不同，后者终年可见，无季节性。
疱疹性咽峡炎的全身症状及咽部体征一般均在4-6天后自愈，偶有延长至2周者，很少有并发症，偶有并发腮腺炎者。但是EV71感染可并发严重的脑干脑炎和神经源性肺水肿。
